申请费与录取费
申请日本大学通常需要支付一笔不菲的申请费和录取费，这两项费用在很多情况下是不可回收的。对于大多数学生来说，选择哪所学校往往会受到这些直接成本的影响。在一些高竞争力的专业中，如医学、工程等领域，申请费用可能会达到数万日元甚至更高。而且，如果没有被所选学校录取，这些费用就无法得到退还。
学校入学考试及语言测试
为了保证自己的教育质量，许多日本大学都要求外国学生参加他们自己的入学考试或语言能力测试，如EJU（日本大学入学考）和JLPT（日本语能力测试）。这些考试通常需要额外支付报名和复试等相关费用。此外，由于英语不是主要教学语言，大多数非日语系课程都要求非母语生通过一定水平的日语能力证明，这也意味着还要投入时间和金钱去准备和参加这些考试。
住宿与生活用品购置
住宿是另一个重要开支。在一些城市尤其是东京、大阪、名古屋等大都市地区，租房价格非常昂贵。一室公寓每月租金可以超过10万元人民币，而食物、交通、娱乐等其他生活成本同样很高。除了基本生活用品，还需要购买文具书籍、电子设备以及适应新环境的一系列物品，以确保学习效率。
教育咨询服务
为了帮助国际学生顺利完成留学计划，有些机构提供了全面的教育咨询服务，但这并不免费。这些服务包括但不限于课程规划、奖学金建议、新宿舍寻找以及工作机会推荐等。此外，一些优秀院校也可能对特别有潜力的候选人提供一定程度上的奖学金或者减免，但这通常伴随着条件，比如成绩保持在特定水平或参与特定的研究项目。
医疗保险与健康检查
医疗保险是一种强制性的社会福利制度，对所有居住在日本的人员都是必需的。这包括了急诊治疗、中医药治疗以及必要的手术。但即便如此，在某些特殊情况下，比如长期病情治愈或者重大手术时，个人仍然可能面临巨大的医疗花销。此外，不少学校都会要求新生进行健康体检，以确保学生身体状况能够承受繁忙而紧张的学习节奏，这个过程中的检查报告也是必须付出的额外资金。
